Le garantizamos observar de 3 a 5 especies de monos: Callicebus moloch, Alouatta seniculus, Cebus apella, Ateles paniscus y Aotus sp. y muchas especies de aves. Durante las caminatas por la selva, hay la posibilidad de observar tapir, chanchos salvajes, venado, tejones, perezosos, armadillos, jochis y con mucha suerte ver un jaguar o leopardo muy velozmente.

Otras especies a observar son los anfibios y reptiles como caimanes y culebras. También  existe una impresionante cantidad de insectos, muchos de ellos aún no registrados por los científicos. Madidi es el hogar de más de 4 mil plantas superiores, con un alto grado de endemismo.